O corpo da futura estação Vila Prudente é constituído de dois poços circulares, norte e sul, que possuem diâmetro de 40 m cada e em parte justapostos, distribuindo os quatro níveis principais: nível acesso/térreo, mezanino para bilheterias e bloqueios, intermediário para salas operacionais e sanitários públicos, além de circulação do acesso às plataformas. O poço norte apresenta abertura total para o exterior, enquanto que o poço sul foi parcialmente fechado no nível térreo em função da proximidade com a Av. Prof. Luiz Ignácio de Anhaia Mello.
O projeto arquitetônico da estação é de Luiz Carlos Esteves. A cobertura de vidro dos dois poços possui características técnicas singulares. O envidraçamento especial com vidros autolimpantes de controle solar seletivo de 2000 m², foi feito sobre estrutura metálica de 250 toneladas de aço. A solução permite a iluminação e ventilação natural do poço de 32 metros de profundidade. Foram utilizadas 820 peças de vidro temperado laminado de 12 mm na composição de Bio Clean 6mm + PVB 1,52mm + KNT incolor de 6mm, todos temperados. Nos vidros Bio
Clean, os raios UV solares promovem, por fotocatálise, a decomposição de sujeiras orgânicas em sua superfície, possibilitando a limpeza pela chuva. O vidro interno KNT permite controle térmico sem o aspecto espelhado do vidro, promovendo a passagem da luz visível e filtrando os raios infravermelhos responsáveis pelo calor. Os vidros de alta tecnologia foram fornecidos pela Cebrace e transformados pela Santa Marina Vitrage. O sistema do Vidro Encapsulado em Silicone (VES) da Avec Design, adotado pelo Metrô de São Paulo e pela construtora Andrade Gutierrez, permitiu rápida e precisa montagem do envidraçamento da cobertura.
Os acabamentos internos da estação se caracterizam pelo despojamento formal, constituído de concreto aparente, aço inox, estruturas de aço na cor branca, vidro e pastilhas cerâmicas revestindo os blocos internos de alvenaria. Acessibilidade A acessibilidade atende à norma NBR 9050. Para acesso aos níveis no corpo da estação, os usuários portadores de deficiência ou mobilidade reduzida utilizam-se de três elevadores, do térreo para o mezanino (bilheterias/bloqueios – área não paga) e do mezanino (área paga) para cada uma das plataformas. Para o acesso dos usuários portadores de deficiência visual, pisos táteis direcionais e de alerta os encaminham aos elevadores, bilheterias, bloqueios e áreas de embarque na plataforma. A sinalização de áreas de risco é feita por pisos de alerta e faixas de alerta de plataforma.
